Создан постановлением Правительства Республики Казахстан № 119 "О некоторых вопросах создания государственного учреждения "Государственный природный резерват «Акжайык» от 6 февраля 2009 года в дельте реки Урал и прилегающем побережье Каспийского моря площадью 111500 га.

1 апреля 2009 года территория дельты реки Урал и прилегающего побережья Каспийского моря включена в список водно-болотных угодий международного значения.

В 2014 году резерват вошел во всемирную сеть биосферных резерватов ЮНЕСКО.